1936年9月,國立中央高級助產執業學校附設產院在南京宣告成立,這是南京市婦幼保健院的前身,院校合一,校長屈錦琴任產院院長。
1954年9月,南京助產學校附設產院與南京市立婦幼保健院合并,成立南京市婦幼保健院。
1984年9月,南京婦幼保健院易名為南京婦產醫院,同時南京婦女保健所設于院內。
1993年,醫院掛牌為江蘇省首家“國家級愛嬰醫院”。
1999年,醫院被評為三級甲等婦幼保健院,成為江蘇省內首家三級甲等婦幼保健院。
2003年,成為南京醫科大學附屬南京婦幼保健院;2016年,更名為南京醫科大學附屬婦產醫院。
2017年,根據省衛生計生委、省編辦《關于優化整合婦幼保健和計劃生育技術服務資源的實施意見》文件精神,整合醫院與市計劃生育宣傳技術指導所,增掛“南京市婦幼保健計劃生育服務中心”牌子。
2019年,丁家莊新院區項目通過南京市十六屆人大二次會議,被納入2019年南京市經濟社會發展重大項目計劃。醫院結合市領導關于醫院東擴發展的要求,推進丁家莊院區建設,占地面積約150畝,編制床位1200張。